Erästä merkittävää osaa sarjassa näyttelee alkutunnus. Se on ikäänkuin keulakuva, joka voi välittää joko negatiivisen tai positiivisen kuvan sarjasta. X-Filesin perinteinen alkutunnus loi salaperäisen ja yliluonnollisen tunteen, jonka huomassa oli mukava lähteä tarinan syövereihin. Alkutunnus muuttui hieman 8. kaudelle mentäessä ja sitten melko perusteellisesti 9. kaudelle tultaessa. Seitsemän vuotta perinteinen alkutunnus pysyi ja se on jo itsessään hieno saavutus.

Alkutunnuksen on sarjaan tehnyt suunnittelutiimi Castle/Bryant/Johnsen, johon kuuluvat siis Jim Castle, Bruce Bryant ja Carol Johnsen. He voittivat siitä Emmy-palkinnon vuonna 1994. Bryantia ja Johnsenia kiinnostavat erityisesti paranormaalit asiat, joten heillä on ihan oma side sarjaa kohtaan. He ovat tehneet aikoinaan dokumentin karjansilpomisesta, joten Chris Carter oli eräässä jaksossa käyttänyt kuvia heidän materiaalistaan. Kiinnostuksensa johdosta sarjaa kohtaan he tekevät mielellään Carterin pyytämät muutokset alkutunnuksen loppuun, aina silloin kun "The Truth Is Out There" pitää vaihtaa.

Seuraavassa hieman tietoa eri kohtauksista.

UFO havainto
Bruce Bryant haki tunnuksen alkuun jotain paranormaalin tyylistä ja kärkiajatuksena oli UFO. Kohtaus tehtiin näyttämään kuin se olisi amatöörin ottama. Pohjois-Arizonassa pienkoneesta käsin Bryant ja Johnsen kuvasivat taustamateriaalia lentävälle lautaselle kolme tuntia. Kun Bryant ja Johnsen olivat ajamassa pois lentokentältä, he näkivät myrskypilvien nousemassa lännestä ilta-auringossa. Auto pysähdyksiin, ja Johnsen otti kuvan Bryantista kun hän osoittaa sormella kohti taivaanrannasta nousevia pilviä. Eli tumma hahmo kuvassa on Bruce Bryant. Näin ollen koko kolmen tunnin kuvausreissu oli aivan turha. Lentävät lautaset saatiinkin sitten kahdesta yhteenliimatusta päivällislautasesta, jotka maalattiin heijastavalla maalilla.

Vääntyvät kasvot
Johnsen kertoo, että Carter halusi alkutunnukseen jonkinlaiset vääntyvät kasvot. Aikataulu alkoi mennä tiukalle, joten tekijä tiimi piti pikapalaverin. Ryhmän video-operaattori Lou Eske voitti kunnia mennä huutamaan kameran eteen. Digitaalisesti hoidettiin naaman venyttämispuoli.

Näyttelijäesittelyt
Bryant kertoo, että alkuperäisessä konseptissa "kamera" tutkii pimeää, labyrintinomaista toimistoa. Pöydällä on tehtyjä FBI:n tutkimusvalokuvia, henkilökortteja ja rikostutkimustodisteita. Käsinpidettävä kamera kulkee niiden yläpuolella, ja Duchovnyn ja Andersonin nimet näkyvät ruudulla. Ainoa valo on taskulampun valo. Bryantin mukaan efekti oli komea mutta ainoa mikä siitä jäi lopulliseen versioon oli näyttelijöiden nimet. Oletkos muuten koskaan ajatellut kuka alussa näkyvät Mulderin ja Scullyn virkamerkit on oikein allekirjoittanut? Dana Scullyn virkamerkin on allekirjoittanut Carol Johnsen ja Fox Mulderin virkamerkin Jim Castle.

Valkoinen putoava olento
Tämä oli periaatteessa melko yksinkertainen temppu. Johnsen kertoo pukeutuneensa valkoisiinn maalarinvaatteisiin ja peittäneensä kasvot valkoisella. Sitten hän kävi makaamaan mustan kankaan päälle. Kamera oli asetettu hänen yläpuolelleen ja sitten Johnsen vain käänteli ja väänteli itseään halutun efektin saamiseksi.

Castle/Bryant/Johnsen -tiimi palasi tekemään samaa konseptia kunnioittaen kaksi variaatiota alkutunnuksesta 8. kaudelle. Yhdeksännen kauden alkutunnuksen tekikin sitten kokonaan uusi porukka; Imagenary Forces. Heidän alkutunnus pohjautuu Castle/Bryant/Johnsen -tiimin konseptiin mutta on mitä ilmeisimmin lähes digitaalisesti tehty. Alkutunnukset ovat kerätty VideoKammioon, jossa niitä pääsee katselemaan.

Tässä pieni kuvakollaasi uudesta alkutunnuksesta: