The Lone Gunmen on eräänlainen salaliittoteoriaryhmä, joka julkaisee "The Lone Gunman Newsletter" nimistä uutislehteä. Ryhmään kuuluu virallisesti kolme jäsentä; Byers, Frohike ja Langly. Neljäs jäsen Kenneth "Thinker" Soona oli itsenäinen salaliittoteoreetiikko, joka sai surmansa vuonna 1995 saatuaan haltuun hallituksen tarkoin varjelemia salaisuuksia.
Lehti, joka tunnetaan myös nimellä "The Magic Bullet", sisältää artikkeleita paljastuksista, salaliittoepäilyksistä, valtionsalaisuuksista sekä paranormaaleista tapauksista; eli lähes kaikesta salaperäisesta mitä Gunmenit pystyvät kaivamaan päivänvaloon. Lehteä julkaistaan vain pienelle lukijaryhmälle, jotka haluavat tietää mitä kulissien takana todellakin tapahtuu. Levikki on siinä 2800 lehden kieppeillä. Alunperin Mulderin tuntema ryhmä auttaa agenttikaksikkoa aina kun heidän normaalit kanavat eivät riitä. Scully piti Gunmeneita ensin äärimmäisen vainoharhaisena porukkana mutta ajan myötä hän on alkanut luottamaan heidän ammattitaitoon. Myöhemmiten myös apulaisjohtaja Skinner sekä agentit Doggett ja Reyes ovat tutustuneet tähän erikoista tietoa omaavaan ryhmään.
The Lone Gunmen ryhmän nimi juontuu vuoteen 1989 milloin porukka oli ensikertaa sekaantunut hallituksen salaoperaatioihin. X oli valmis teloittamaan heidät mutta näin hän ei kuitenkaan tehnyt. Kun Byers lopuksi tivasi häneltä oliko totta että hallitus oli myös Kennedyn murhan takana, X vastasi vain: "Kuulin että se oli yksinäinen ampuja". ("I heard it was a lone gunman").
Kolmikon taistelu hallituksen salailuja vastaan ja tiedonvapauden puolesta päättyy lopullisesti keväällä 2002. Ryhmä avustaa vanhaa hakkeriystäväänsä Yves Adele Harlowta (oikealta nimeltään Lois Runtz) löytämään kaksi miestä, jotka kantavat sisällään vaarallista virusta. Aika käy vähiin ja lopulta kolmikolle ei jää vaihtoehtoja kuin sulkea itsensä ja viimeinen viruksen kantaja ilmatiiviiden palo-ovien väliin. Gunmenit saavat auttamattomasti surmansa. Skinnerin suurella panostuksella Gunmenien viimeinen lepopaikka on Arlingtonin sankarihautausmaa.