N: Megan Leitch (vanhempana), Vanessa Morley (nuorempana)

Samantha Ann Mulder on agentti Mulderin sisar. Hänet siepattiin kotoaan 27. marraskuuta 1973. Tämän uskotaan liittyvän jollain lailla hänen isänsä sekaantumisesta peittelyoperaatioihin. Agentti Mulderin ja hänen äitinsä mukaan Samantha oli normaali ja hyvin sopeutuvainen lapsi.

Aikuisena, agentti Mulder on pyhittänyt suuren osan työajastaan ja henkilökohtaisesta ajastaan yrittääkseen selvittää hänen kohtaloaan. Useissa tilanteissa näytti siltä että agentti Mulder on oikeilla jäljillä tutkimuksessaan. Tutkiessaan erästä tapausta jossa luultavasti kloonattu samannäköisiä hybridejä, agentti Mulder tapasi siskonsa aikuisena. Myöhemmin kävi ilmi että oletettu Samantha oli vain yksi klooneista.

Eräs tapaus vei agentti Mulderin Etelä-Kanadaan jossa hän sai tavata taas identtisiä klooneja Samanthasta. Tällä kertaa ne olivat saman näköisiä kuin Samantha sinä yönä kun hänet siepattiin. Kukaan klooneista ei pystynyt kommunikoimaan joten agentti Mulderin yritykset saada vastauksia epäonnistuivat.

Viimeisin ja vaikuttavin tapahtuma oli Tupakkamiehen järjestämä tapaaminen "oikean" Samanthan ja Foxin välillä. Samantha kertoi elävänsä normaalia elämää mutta olinpaikkaa hän ei Mulderille suostunut paljastamaan. Tässä tuli myös se ilmi että Samanthan isä olisikin Tupakkamies. Saattoi tietysti olla, että kyseessä oli taas klooni...

Vuoden 2000 alkupuolella Mulder selvittää Samanthan kohtalon. Samantha oli viety kotoaan, tarkoituksena tehdä karmivia testejä. Myöhemmin hän oli salaperäisesti kadonnut. Mulder sai selville, että Kulkijat saattavat ottaa huostaansa lapsen, joka joutuu lähitulevaisuudessa kestämään paljon tuskaa. Kulkijat vievät lapsen turvaan ennen kärsimystä. Turvaan viedyt lapset saattaa joskus kohdata tähtien valossa, ja juuri näin Mulder tapasi myös Samanthan.

Samantha (tai hänen klooninsa) on esiintynyt seuraavissa jaksoissa:

KAUSI 2 2X01 Little Green Men 2X16 Colony 2X17 End Game	KAUSI 4 4X01 Herrenvolk	KAUSI 5 5X03 Redux II
KAUSI 7 7ABX04 The Sixth Extinction:              Amor Fati 7ABX11 Closure