Viiden ikäisenä Gillian hakeutui Coleridgen peruskouluun. Valitettavasti hän oli oppinut Amerikan aksentin vanhemmiltaan, joten heti kun hän avasi suunsa koulussa, häntä alettiin kiusata. Häntä ivattiin jonkin aikaa kunnes hän oppi pitämään puoliaan.

Vuonna 1979 Andersonin perhe päätti lähteä Britanniasta ja muuttivat Grand Rapidsiin Michiganiin, USA:han. Täällä Gillian suoritti Fountainin peruskoulun ja sen jälkeen hakeutui Michiganin kaupungin korkeakouluun. Ikävä kyllä, Gillianin koulumenestys alkoi mennä huonompaan suuntaan. Kuuden vaikean vuoden jälkeen Britanniassa hän oli niin samaistunut britti, joten paluu Amerikkalaiseen tyyliin tuotti hänelle vaikeuksia. Taas kerran häntä kiusattiin, tällä kertaa brittiaksentin vuoksi jota kukaan ei luokalla ymmärtänyt. Tämä johti epäsuosioon ja hän alkoi vieraantua koulusta.

Asiat menivät vain huonompaan suuntaan kun Gillianin vanhemmat paljastivat perheen lisäyksen olevan tulossa. Vuonna 1981 syntyi hänen sisarensa Zoe ja kolme vuotta myöhemmin veli Aaron. Gillian tuli nopeasti kateelliseksi nuoremmille sisarilleen ja halusi taas päästä vanhempiensa huomion keskipisteeksi.

Gillianin tuska johti kapinallisuuteen James Dean tyylillä. Hän muuttui mukavasta tytöstä karuksi punkkariksi. Lontoo aikojen inspiroimana hän värjäsi hiuksensa, laittoi korunapin vasempaan sieraimeensa, piti isoa mohikaanipalttoota ja osti parin dollarin mekkoja. Hänen ulkonäkönsä oli Madonnan ja Johnny Rottenin välimaastossa ja hänen lempimusiikkiaan oli The Circle Jerks, The Dead Kennedys ja Elvis Costello.

"Olin sellainen koska halusin ilmaista vihani. Sitä oli paljon ja en ole koskaan ollut hyvä käsittelemään tunteitani."

Gillianin kouluarvosanat romahtivat koska kaikki energia meni kiroilemiseen, haaveiluun, ilveilemiseen, puhumiseen ja paperiliidokkien heittelemiseen. Hän joutui säännöllisesti koulun rehtorin puhutteluun joka moitti häntä riehakkaasta ja tottelemattomasta käytöksestä.

Gillianin ensimmäinen vakava suhde oli punkkariin joka myöhemmin luultavasti hakeutui Uus-Natsiksi. Seuraavana vuonna hän sekaantui rahattomaan punkkariin joka oli koditon ja kymmenen vuotta häntä vanhempi. Silloin kun he olivat yhdessä, vähemmän onnellinen pariskunta nukkui varastorakennusten ja kavereidensa asuntojen lattioilla.

Nykyään Gillian kuvaa elämäänsä siihen aikaan "äärimmäisen tuskallista". Hänen elämänsä oli sekaisin ja nautti juomisesta ja huumeista. Vaikka hänen vanhempansa olivat huolissaan vanhemman tyttärensä käytöksestä, he eivät puuttuneet asiaan varsinaisesti. He antoivat Gillianille vapauden huolehtia omista ongelmistaan ja pyrkivät antamaan hänelle omaa itsenäisyyttä.

Lapsena Gillian halusi aina olla aikuisena meribiologi, geologi tai arkeologi. Jokatapauksessa hänen haaveensa hävisivät kapinallisen elämänvaiheen aikana. Hänen aikanaan Michiganissa hänet äänestettiin "oudoimmaksi tytöksi", "luokan peleksi", "luultavasti kaljuuntuvaksi" ja "hänet luultavasti pidätetään".

Ironisesti yksi odotuksista täyttyi valmistumispäivänä, kun Gillian otettiin kiinni yrittäessään murtautua kouluun ystäviensä kanssa. Gillian päätti liimata kaikki luokkahuoneiden lukot kiinni jotta kukaan ei seuraavana päivänä pääsisi luokkiin. Kuitenkin hän oli sen verran humalassa ettei onnistunut murtaa koulun pääoven lukkoa. Hänen ystävänsä tuskastuivat odottamiseen ja lähtivät pois, mutta Gillian oli päättänyt mennä vaikka läpi harmaan kiven ja jatkoi tiirikoimista. Hän taisteli lukkojen kanssa kunnes partioiva poliisi näki mitä hän oli tekemässä ja pidätti Gillianin välittömästi. Gillianilta otettiin sormenjäljet ja hänet valokuvattiin minkä jälkeen hänen pikaystävänsä tuli ja maksoi takuut.

Gillianin onneksi kapinallisvaihe loppui kuin seinään. Hieman sen jälkeen hän hakeutui Grand Rapidsin Yhteiskunnanteatteriin muutamaan koe-esiintymiseen. Hänellä oli kuitenkin vain vähän kiinnostusta näyttelemiseen mutta kokeili ihan piruuttaan. Hänestä tuntui välittömästi lavalla että ihan kuin olisi kotonaan. Tuloksena hänen asenteensa muuttui ja hänellä oli kutsumus elämässään. Gillian Anderson halusi näyttelijäksi.